Thèse Etude du Dialogue Chimique Entre un Dinoflagellé et ses Champignons Associés H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Nantes Université École doctorale : École doctorale Végétal, Animal, Aliment, Mer, Environnement Laboratoire de recherche : INSTITUT DES SUBSTANCES ET ORGANISMES DE LA MER (ex MER, MOLECULES ET SANTE) Direction de la thèse : Samuel BERTRAND ORCID 0000-0002-5934-7012 Date limite de candidature : 2026-05-13T00:00:00
Les microorganismes sont capables de produire un grand nombre de métabolites spécialisés, dont beaucoup restent inconnu. Ce projet se propose donc d'explorer la diversité chimique produite par le dinoflagellé Prorocentrum lima ainsi que les champignons présents au sein de sa phycosphère. Ces molécules seront évaluées afin de savoir si elles jouent un rôle dans la structuration de la communauté microbienne de P. lima (propriété antimicrobienne) et dans sa production de toxine.
Principales étapes de la thèse et démarche Exploration de la diversité chimique de champignons isolées de P. lima par approche OSMAC et métabolomique Culture large échelle de champignons et de P. lima Isolement et caractérisation de molécules produites les microorganismes Evaluation biologique des molécules caractérisées Interprétation des résultats dans le contexte de l'holobionte P. lima Approches méthodologiques et techniques envisagées
Approche OSMAC et métabolomique par chromatographie liquide couplée à de la spectrométrie de masse (MS) haute résolution en tandem et réseautage moléculaire Isolement de molécules par chromatographie Flash, et haute performance Caractérisation de molécules par MS et RMN (1D et 2D) Quantification de la production de toxine par P. lima par LC-MS

Ce projet de thèse est entièrement financé par le projet HoloFungi (financé par l'ANR - ANR-25-CE20-3137). Ainsi il dispose de l'ensemble des moyens, humain, materiel pour être réalisé.
Le projet HoloFungi (financé par l'ANR - ANR-25-CE20-3137) a pour objectif d'étudier un holobionte marin jamais investigué jusqu'ici, la microalgue toxique Prorocentrum lima : régulièrement associée à des proliférations rendant les coquillages impropres à la consommation humaine. Elle vit en interaction avec de nombreux microorganismes. Le projet s'intéressera en particulier à la place des micro-champignons dans son microbiome. Ce projet a pour objectif (1) de comprendre quels signaux chimiques produits par les champignons induisent une surproduction de toxines par le dinoflagellé, (2) d'étudier comment la microalgue et les champignons associés, sont capables de structurer et réguler la communauté microbienne de l'holobionte grâce aux signaux chimiques qu'ils produisent. Ainsi, ce projet a pour ambition de découvrir de nouvelles molécules antimicrobiennes pouvant être développées en thérapeutique humaine. Ce projet fait suite a des résultats préalablement acquis au sein du laboratoire publié dans Environ. Microbiol. 2023, 25, 250-267, doi: 10.1111/1462-2920.16271.