CDD Ingénieur en Analyse de Données Protéomique H/F - Ifremer

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète

Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.

L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.

Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.

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Qui sommes nous ?

Au sein de l'Ifremer, Institut National Français des Sciences de la Mer, référence internationale en matière de recherche scientifique marine, l'Unité «Contamination Chimique des Ecosystèmes Marins » (CCEM - https://ccem.ifremer.fr) mène des recherches pour caractériser l'Exposome chimique océanique et son impact sur les espèces marines.

Ses objectifs sont notamment de comprendre la dynamique des contaminants chimiques dans le milieu marin, d'étudier leur transfert et devenir (biodisponibilité, biotransformation et bioaccumulation) vers et dans les organismes marins, leurs effets biologiques, et d'évaluer la qualité du milieu marin et le risque chimique. Participant à plusieurs projets français et internationaux, l'unité CCEM dispose d'une expertise reconnue pour l'étude des contaminants chimiques et de leurs effets dans le milieu marin et est équipée de moyens instrumentaux et préparatoires de pointe pour leur analyse à l'état de traces ainsi que pour l'analyse de biomarqueurs d'exposition et d'effet.

Vous intégrerez l'unité CCEM, composée d'une trentaine de personnes en contrat permanent et d'une dizaine de personnes en contrat temporaire (CDD, stage, thèse, Post-doc) et serez placé(e) sous la responsabilité du responsable d'Unité.

Quelle sera votre mission ?

Vous contribuerez à des projets de recherche visant à mieux comprendre les effets des contaminants chimiques d'intérêt émergent sur les organismes marins (poissons, mollusques bivalves) à travers des approches de protéomique non ciblée. Vous aurez pour mission principale d'exploiter et d'interpréter de grands jeux de données de protéomique obtenus par nanoLC-HRMS/MS dans le cadre d'expérimentations réalisées en laboratoire ou d'études in situ. Ces travaux auront pour objectif d'identifier les mécanismes moléculaires impliqués dans les réponses aux contaminants, de caractériser des signatures protéomiques associées aux expositions et de proposer de nouveaux biomarqueurs.

Vous participerez également, de manière ponctuelle, à la préparation d'échantillons biologiques destinés aux analyses protéomiques, ainsi qu'au suivi des prestations réalisées par une plateforme spécialisée de spectrométrie de masse.

Quelles seront vos principales activités ?

Préparer, contrôler et organiser les échantillons biologiques (tissus, cellules) destinés aux analyses protéomiques.

• Assurer le suivi des analyses avec la plateforme de protéomique.
• Traiter, analyser et interpréter des données de protéomique non ciblée acquises par nanoLC-HRMS/MS
• Mettre en oeuvre des pipelines d'analyse bioinformatique et statistiques adaptés aux données protéomiques.
• Identifier les protéines différentiellement exprimées et les voies biologiques affectées par les expositions aux contaminants chimiques.
• Rechercher des signatures moléculaires caractéristiques d'expositions à un contaminant unique ou à des mélanges complexes de contaminants.
• Intégrer les données protéomiques avec les données chimiques et biologiques afin d'établir des relations entre niveaux de contamination et réponses biologiques.
• Participer à la valorisation scientifique des résultats.

Qui êtes vous ?

Bac +5 à Bac +8 (Master, diplôme d'ingénieur ou Doctorat) en bioinformatique, protéomique ou disciplines apparentées, avec une expérience démontrée dans l'analyse de données de protéomique par spectrométrie de masse.

Compétences requises : savoir et savoir-faire

• Très bonnes connaissances en protéomique quantitative et protéomique non ciblée.
• Solides compétences en bioinformatique appliquée aux données protéomiques.
• Bonne maîtrise des méthodes statistiques appliquées aux données omiques.
• Connaissances en écotoxicologie appréciées.
• Connaissance des mécanismes de réponse aux contaminants chimiques constituant un atout.
• Expérience dans l'analyse de données issues de nanoLC-HRMS/MS.
• Maîtrise de logiciels d'analyse protéomique
• Maîtrise des analyses statistiques sous R (ou Python) et de la visualisation de données.
• Expérience des analyses fonctionnelles
• Capacité à manipuler de grands jeux de données et à développer des workflows reproductibles.

Qualités, savoir-être

• Excellentes capacités d'analyse, de synthèse et d'interprétation biologique.
• Rigueur scientifique et sens de l'organisation.
• Autonomie dans la conduite des analyses de données.
• Esprit d'initiative et aptitude à résoudre des problèmes complexes.
• Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire.
• Bon niveau d'anglais scientifique (lecture, rédaction et communication).
• Savoir être en milieu professionnel
• Aptitude et goût le travail au laboratoire
  

• Statistiques
• Python
• Anglais
• Autonomie
• Pro-activité
• Analyse de données
• Esprit d'analyse
• Bio-informatique
• Visualisation de données
• Sens de l’organisation