Ingénieur·e Biologiste en Analyse de Données H/F - Nantes Université

· Le CR2TI est une Unité Mixte de Recherche de l'Inserm et de Nantes Université basée sur le campus du CHU de Nantes et le bâtiment IRS2. Il est constitué de 6 équipes de recherche pour un total de 230 personnes (chercheurs, enseignants-chercheurs, cliniciens, étudiants, ingénieurs, techniciens) principalement dédiées au décryptage des mécanismes immunologiques et à l'amélioration du diagnostic et des traitements dans les domaines de la transplantation d'organes, des maladies inflammatoires, auto-immunes et des maladies infectieuses.
· L'équipe 6, Relations hôte-microbiome, est située dans le bâtiment de l'IRS2 sur l'île de Nantes. Elle est composée de 40 personnes environ et s'intéresse à la compréhension de la réponse immunitaire aux infections pulmonaires en utilisant des approches translationnelles. Son domaine scientifique couvre la plupart des aspects des relations hôte-microbiome-pathogène chez les patients et les modèles animaux. Les projets de l'équipe visent à mieux comprendre l'immunosuppression acquise après un stress inflammatoire aigü, en mettant l'accent sur les altérations à long terme des cellules immunitaires du poumon et du microbiote. Des approches omiques de pointes couplées à des méthodes analytiques de précision sont utilisées pour générer et valider des hypothèses.

Notre groupe a accès à des données cliniques et à plusieurs données omiques longitudinales (métabolome, protéome, microbiome, scRNA-sequencing) issues de deux grandes cohortes françaises de patients gravement malades. Les missions de l'ingénieur.e seront de:

· caractériser l'effet de la pneumonie et de complications (i.e. cardiovasculaires) sur chaque omique,

· réaliser une intégration multi-omique

· évaluer si les signatures identifiées, par exemple la reprogrammation métabolique ou lipidique, sont associées à des événements cardiovasculaires ultérieurs.

Le/la candidat.e retenu.e sera chargé.e des analyses bio-informatiques du séquençage immunologique, de l'interprétation des analyses multi-omiques et de la rédaction d'un manuscrit.

Activités principales

· Concevoir, Développer, déployer et maintenir des méthodes d'analyses de données omiques

· Analyser des données de métabolomique et protéomique

· Interagir avec les autres membres de l'équipe

RETROUVEZ LA FICHE DE POSTE EN INTEGRALITE :https://www.univ-nantes.fr/universite/recrutement/nantes-universite-recrute-un-e-ingenieur-e-biologiste-en-analyse-de-donnees-cr2ti-3

- Formation et/ou qualification :

Un doctorat (ou qualification équivalente) suivi de 2 années minimum de post-doctorat en bio-informatique.

Un diplôme supplémentaire en biologie serait un atout pour l'intégration translationnelle du projet.

Un très bon niveau en langage de programmation (Python ou R) est attendu.

- Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste :

Une expérience ayant permis l'acquisition d'un solide savoir-faire en bio-informatique (langages de programmation, modélisation statistique, analyse prédictive et intégration de données omiques (métabolome, protéome, microbiome, transcriptome), d'une bonne expertise en immunologie et la capacité à travailler en équipe multidisciplinaire est bienvenue.

La publication d'articles dans des journaux scientifiques reconnus en tant que principal auteur sera appréciée.

· Versant : Fonction publique d'État

· Type de recrutement : Catégorie A, contractuel·le, CDD 14 mois (article L.332-24 du CGFP)

• Python
• Analyse de données
• Langages de programmation
• Bio-informatique