Thèse Resistant-Lung Genetically Engineered Lung-Specific Live Bioproducts To Treat Severe Pneumonia Caused By Resistant Gram Negative Bacteria H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Nantes Université École doctorale : École doctorale Biologie Santé Laboratoire de recherche : Center for Research in Transplantation and Translational Immunology Direction de la thèse : Antoine ROQUILLY Date limite de candidature : 2026-06-30T00:00:00
La pneumonie est la première cause de maladies transmissibles et la deuxième cause d'années de vie ajustées sur l'incapacité dans le monde, et ce, même avant la pandémie de COVID-19. Elle peut être contractée dans la communauté (PAC) ou lors d'une hospitalisation (PNH). La PNH est la cause la plus fréquente d'infections nosocomiales, avec 500 000 épisodes traités chaque année en Europe.
À ce jour, les seuls traitements disponibles pour les PAC et les PNH sont les antibiotiques ou les antiviraux, qui visent à prévenir la contamination pulmonaire et à maintenir des voies respiratoires stériles. Cependant, les thérapies ciblant les pathogènes ne permettent pas d'obtenir un résultat favorable pour 25 à 35 % des patients. De plus, les stratégies antibiotiques standard exercent non seulement une pression sélective sur les pathogènes, mais éliminent également, de manière involontaire, des commensaux anaérobies clés des microbiotes intestinaux et respiratoires. Cette destruction du microbiote déstabilise la résistance des poumons à la colonisation par des pathogènes, favorise la propagation horizontale des gènes de résistance aux antimicrobiens et perturbe l'homéostasie immunitaire. Cela augmente finalement la susceptibilité aux infections à Gram-négatifs multirésistants (MDR) et limite le succès thérapeutique.
L'équipe CR2TI 6 a récemment défini des signatures du microbiote respiratoire associées à des issues défavorables lors de pneumonies et de syndromes de détresse respiratoire aiguë. Ces signatures se caractérisent principalement par l'appauvrissement de plusieurs taxons bactériens présents chez la plupart des individus en bonne santé, offrant ainsi des cibles potentielles pour des interventions.

Animalerie , Modèles murins, Échantillons humains, Souches bactériennes, Laboratoire de niveau de confinement 2 (L2), Plateformes de séquençage

WP1 : Développement d'un consortium thérapeutique incluant 1 à 2 commensaux pulmonaires génétiquement modifiés
Tâche 1.1 : Ingénierie génétique de dérivés de plasmides navettes avec une expression inductible en conditions anaérobies et spécifique à l'hôte (par exemple, avec des effecteurs thérapeutiques sous le contrôle de promoteurs anaérobies natifs et/ou de sites de liaison ribosomaux spécifiques à l'espèce), afin de valider les souches modifiées pour la stabilité des plasmides, la spécificité d'expression et la sécurité en conditions anaérobies.
Tâche 1.2 : Ingénierie génétique de cassettes intégrées chromosomiquement contenant des effecteurs thérapeutiques chez les candidats anaérobies, en utilisant une mutagenèse sans marqueur pour éliminer les risques de transfert de plasmides.
Tâche 1.3 : Étude des interactions entre les candidats du consortium par culture et profilage transcriptomique.

WP2 : Explorer les effets anti-virulents et anti-résistance de la thérapie probiotique sur les pathogènes respiratoires Gram-négatifs multirésistants (MDR)
Tâche 2.1 : Tester in vitro si le consortium réduit l'expression de la virulence et de la résistance chez les pathogènes MDR (analyses de croissance, réponses transcriptionnelles bactériennes, mesures des CMI).
Tâche 2.2 : Étude des effets du consortium chez des souris traitées ou non, puis secondairement infectées (charge pathogène, récupération du poids des souris, activité transcriptomique).

WP3 : Explorer comment la thérapie probiotique module les fonctions immunitaires (avec un focus sur les macrophages)
Tâche 3.1 : Tester, par des essais de co-culture cellulaire, si les candidats thérapeutiques modulent les fonctions des macrophages (métabolisme, activité mitochondriale, capacité antioxydante, synthèse de cytokines, phagocytose des pathogènes) en présence ou en absence de pathogènes et/ou d'antibiotiques.
Tâche 3.2 : Étude des effets des candidats thérapeutiques sur les macrophages (cytométrie en flux, séquençage ARN en vrac ou cellule unique, ATAC-seq/ChIP-seq) chez des souris traitées ou non et secondairement infectées ou non.