Post-Doctorat Microbiologie des Altérations Alimentaires et Outils Moléculaires Innovants H/F - 44

SECALIM (SECurité des ALIments et Microbiologie) est une Unité Mixte de Recherche (UMR1014) INRAE/Oniris qui exerce ses activités dans le domaine de la sécurité microbiologique des aliments. La mission de SECALIM est de produire et diffuser des connaissances et des méthodes scientifiques dans le domaine de la sécurité microbiologique des aliments pour répondre aux demandes sociétales de santé publique et de maîtrise des pertes alimentaires. Ses actions de recherche visent à caractériser et maîtriser le risque microbien (sanitaire et d'altération) dans les aliments. Les compétences mises en oeuvre dans l'unité combinent de la microbiologie classique et moléculaire, de la microbiologie prévisionnelle et de l'appréciation quantitative des risques. Une des finalités de ces travaux est de contribuer à l'apport de moyens de maîtrise innovants à destination des professionnels ou des autorités de contrôle pour assurer la sécurité microbiologique des aliments.Description du sujet
Les flores d'altération des aliments sont à l'origine d'accidents de fabrication (modification de la couleur des aliments, de l'odeur, du goût, de la texture, gonflements des emballages, etc.), les rendant impropres à la consommation, et constituant un facteur limitant majeur de la durée de vie commerciale des produits alimentaires. Depuis début 2023, cette notion de denrées impropre est renforcée en France par le Guide de gestion des alertes alimentaires qui prévoit désormais une notification des produits impropres à la consommation. En se développant sur les denrées alimentaires, les flores d'altération vont donc provoquer des pertes considérables dans l'industrie agroalimentaire (gaspillage alimentaire, impact économique, impact écologique, perte de compétitivité). En Europe, on estime à 30 % la part de production alimentaire gâchée, dont 25% seraient attribués à l'altération microbiologique. Le phénomène est accentué par la tendance Clean Label Greener Biocide, la réduction et recyclabilité des emballages, la réduction de sel.

Actuellement, il existe très peu de méthodes normalisées pour identifier l'organisme responsable de l'altération et surveiller les procédés. Il n'existe pas non plus d'offre adaptée à chaque niveau de besoin et peu ou pas d'accompagnementpour les industriels de l'agroalimentaire : qualification du problème, identification des altérants, accompagnement jusqu'à la mise en place de moyens de maîtrise adaptés (challenge tests, validation procédés).

Le projet SpoiLog vise à développer une base de données numérique, ergonomique, multi-filières pour guider les industriels dans la maîtrise des problématiques liées aux flores d'altération, à générer de nouvelles données expérimentales, à identifier les techniques de séquençages les plus appropriées aux enjeux de l'altération et à développer une méthode d'investigation agile à l'attention des industriels de l'agroalimentaire pour la maîtrise des problématiques liées aux flores microbiennes d'altération dans les aliments classiques et innovants (à base de protéines végétales).

Dans le cadre du projet SpoiLog, nous recrutons un.e post doctorant.e au sein de l'UMR SecAlim 1014 INRAE-Oniris, dont la mission sera de générer de nouvelles données expérimentales sur la caractérisation des flores d'altération pour des matrices actuellement peu documentées (conventionnelles & alternatives végétales). Ces nouvelles données viendront alimenter et consolider la base de données SpoiLog nouvellement créée. Pour ce faire, il/elle mettra en oeuvre des outils de microbiologie classique et également développera des outils innovants de microbiologie moléculaire (full length 16S / ITS metabarcoding) ainsi que des méthodes de quantification des populations bactériennes et fongiques altérantes (qPCR / PMA-qPCR). Le/la post-doctorant·e jouera un rôle clé dans la structuration d'un outil inédit en France pour la prévention des altérations microbiologiques.